Når man vælger en overføringsmembran, skal membrantypen og porestørrelsen bestemmes baseret på molekylvægten, hydrofobiciteten og andre egenskaber af målproteinet, såvel som kravene til nedstrømsapplikationer. De fleste proteiner kan bruge membraner med en porestørrelse på 0,45 µm, mens for lavmolekylære proteiner eller peptider (kDa) anbefales membraner med en porestørrelse på 0,1 eller 0,2 µm. PVDF-membraner er et foretrukket valg til hydrofobe proteiner (såsom membranproteiner).
Forskellige membraner kræver forskellige forbehandlingstrin. PVDF-membraner er meget hydrofobe og skal aktiveres ved befugtning med methanol eller ethanol før nedsænkning i transferbufferen. Nitrocellulose- og nylonmembraner kan sædvanligvis ækvilibreres direkte i overføringsbufferen.
De vigtigste elektrotransfermetoder omfatter våd elektrotransfer, semi-tør elektrotransfer og tør elektrotransfer. Våd elektrotransfer er velegnet til et bredere udvalg af proteinmolekylvægte, mens semi-tør elektrotransfer er hurtigere, men mere velegnet til små molekyler.
Methanolkoncentrationen i transferbufferen påvirker proteinbinding og gel-krympning. Strøm, spænding og tid skal optimeres for at forhindre proteingennemtrængning gennem membranen. For at forhindre, at membranen tørrer ud i de efterfølgende trin, skal ubrugte PVDF-membraner forsegles og opbevares på et køligt, tørt sted.